Las mujeres con síndrome de Morris presentan un genotipo propio del sexo masculino, es decir, sus cromosomas sexuales son XY. Sin embargo, se desarrollan como mujeres y por ello su fenotipo y apariencia física son femeninos.
Puesto que uno de sus cromosomas sexuales es masculino (cromosoma Y), las mujeres con síndrome de Morris no presentan ni útero ni ovarios. Su aparato reproductor interno solamente presenta unos testículos atrofiados localizados en el interior del abdomen o en las ingles.
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