Il existe certaines altérations chromosomiques et génétiques qui ne sont pas compatibles avec l'évolution de la grossesse et sont cause d'avortements, en particulier durant les premiers mois de la gestation.
Afin d'éviter l'interruption de la grossesse pour des causes génétiques, la meilleure solution est de réaliser une FIV associée à un diagnostic préimplantatoire (DPI). Il est alors possible de sélectionner les embryons sains, libres d'anomalies chromosomiques. Une autre option est d'utiliser des gamètes de donneurs, ovocytes et/ou spermatozoïdes selon que les altérations génétiques proviennent de la femme ou de l'homme.
Au cas où la femme où le couple n'aurait pas les ressources suffisantes pour recourir à ces deux options de PMA, une solution possible sera d'assumer les risques d'une nouvelle grossesse naturelle et de faire un diagnostic génétique prénatal pour s'assurer que le fœtus est sain.