Obwohl die Durchführung einer PID bei durch IVF-ICSI erzeugten Embryonen viele Vorteile sowie eine höhere Erfolgsrate der Behandlung aufweist, bringt sie auch einige Nachteile.
Eine PID bringt eine Embryomanipulation mit sich, welche die Embryonen manchmal nicht überleben. Es kann ebenfalls vorkommen, dass der Zyklus abgebrochen wird, da keine genetisch normalen Embryos vorhanden sind. Außerdem kommen zu diesen Nachteilen noch die ethischen Probleme hinzu, die eine PID mit sich bringen kann, da es Personen gibt, die glauben, dass das Leben ab dem Zeitpunkt der Befruchtung beginnt.
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